การปฏิบัติงานของ ศูนย์พัฒนาการสาธารณสุขมูลฐาน ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ จังหวัดขอนแก่น มีอำนาจหน้าที่ที่ให้การปฏิบัติงานเป็นไปอย่างต่อเนื่อง สอดคล้องตามนโยบายของกรมสนับสนุนบริการสุขภาพ ได้มีอำนาจหน้าที่ ในการปฏิบัติงาน ดังนี้

1. ขับเคลื่อนและประเมินผลการดำเนินการสาธารณสุขมูลฐานในระดับพื้นที่
2. พัฒนาศักยภาพภาคีเครือข่ายด้านการสาธารณสุขมูลฐานในระดับภาค
3. พัฒนา ส่งเสริม และสนับสนุนการมีส่วนร่วมด้านการสาธารณสุขมูลฐานในระดับภาค
4. เป็นศูนย์วิชาการด้านการสาธารณสุขมูลฐานในระดับภาค
5. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย ประเมินผล และพัฒนารูปแบบการสาธารณสุขมูลฐานในระดับพื้นที่
6. ปฏิบัติงานร่วมกับหน่วยงานและสถาบันการศึกษาที่เกี่ยวข้องด้านการสาธารณสุขมูลฐานในพื้นที่
7. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย